Héritière des préparations aux agrégations de l'Ecole normale supérieure de la rue d'Ulmexistant depuis le XIXe siècle, l'actuelle préparation à l'Agrégation des Sciences de la Vie, Sciences de la Terre et de l'Univers de l'Ecole normale supérieure et de l'Université Paris-Sud s'est constituée en 1989 par convention entre l'Ecole, l'Université Paris-Sud (inclue aujourd'hui dans l'Université Paris-Saclay) et le Muséum National d'Histoire Naturelle. L'ENS Cachan (devenue l'ENS Paris-Saclay) est associée depuis 2010 à la préparation avec une cohabilitation de la formation depuis 2012.